Avec pour chef-lieu Bobo-Dioulasso qui fut dans le passé capitale du pays, la région des Hauts Bassins a été créée par la loi no 031/AN du 2 juillet 2001 dans ces limites actuelles. Elle comprend les provinces du Houet, du Kénédougou et du Tuy qui ont respectivement pour chef-lieu Bobo-Dioulasso, Orodara et Houndé. Elle compte trois communes urbaines, 33 départements, 30 communes rurales et 472 villages. Le premier Président du Conseil régional, Baba D. Traoré, a dirigé la région de 2006 à 2012. L'actuel président est Docteur Alfred Sanou.